การระบาดในตอนเริ่มแรก สื่ออเมริกันเรียกโรคดังกล่าวว่า "ไข้หวัดใหญ่ เอช 1 เอ็น 1" ก่อนที่องค์การอนามัยโลกจะตั้งชื่ออย่างเป็นทางการว่า ไวรัสโรคระบาด เอช 1 เอ็น 1/09[22] ในขณะที่ CDC เรียกว่า "ไข้หวัดใหญ่ชนิดใหม่ ชนิดเอ (เอช 1 เอ็น 1)" หรือ "ไข้หวัดใหญ่ เอช 1 เอ็น 1 2009"[23] ในเนเธอร์แลนด์ เดิมเรียกว่า "ไข้หวัดหมู" แต่ในปัจจุบัน สถาบันสุขภาพแห่งชาติได้เรียกว่า "ไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ ชนิดเอ (เอช 1 เอ็น 1)" ถึงแม้ว่าในสื่อและประชาชนโดยทั่วไปจะใช้ชื่อว่า "ไข้หวัดใหญ่เม็กซิโก" ก็ตาม; เกาหลีใต้และอิสราเอล พิจารณาเรียกชื่ออย่างสั้น ๆ ว่า "ไวรัสเม็กซิโก"[24] ในภายหลัง สื่อสัญชาติเกาหลีใต้ใช้ตัวย่อ "SI" ซึ่งย่อมาจาก "ไข้หวัดใหญ่ในสุกร" (Swine influrenza) ในไต้หวันใช้ชื่อว่า "ไข้หวัดเอช 1 เอ็น 1" หรือ "ไข้หวัดสายพันธุ์ใหม่" ซึ่งเป็นชื่อที่ใช้กันในสื่อท้องถิ่นจำนวนมาก[25] องค์การสุขภาพสัตว์โลกเสนอชื่อว่า "ไข้หวัดใหญ่อเมริกาเหนือ"[26] คณะกรรมาธิการยุโรปใช้คำว่า "ไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่"[27]

ส่วนในประเทศไทย ได้เคยมีการเรียกโรคดังกล่าวว่า "ไข้หวัดหมู" และ "ไข้หวัดใหญ่เม็กซิโก" ก่อนที่จะมีการเปลี่ยนชื่อเป็น "ไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009"[28] ในภายหลัง แต่ในปัจจุบัน มักจะย่อเป็น "ไข้หวัด 2009"[29] หรือ "หวัดใหญ่ 2009"[30]